Trên địa bàn thành phố Hồ Chí Minh hiện có Nhà máy Xử lý nước thải Bình Hưng, nằm trên địa bàn huyện Bình Chánh. Nhà máy này có chức năng xử lý nước thải sinh hoạt, với công suất 141 nghìn mét khối/ ngày đêm, giai đoạn 2 là 510.000 mét khối/ ngày đêm. Nhà máy này được áp dụng công nghệ xử lý hiện đại của Nhật Bản, có nhiệm vụ xử lý nước thải sinh hoạt thu gom từ các quận Một, Ba, Năm và một phần quận Mười với diện tích lưu vực thu gom nước thải khoảng 825ha, phục vụ khoảng 425.000 người dân. Tuy nhiên, chỉ riêng có nhà máy này không đủ đáp ứng nhu cầu của thành phố.
Do quá trình đô thị hóa diễn ra rất nhanh ở thành phố Hồ Chí Minh, lượng dân cư sinh sống tại khu vực nội thành và ngoại thành gia tăng lớn, kéo theo một lượng rất lớn nước thải sinh hoạt phát sinh. Thành phố được chia làm 9 lưu vực cần phải xây dựng nhà máy xử lý nước thải, đó là khu vực Tây Sài Gòn; Đông Sài Gòn; Bắc Sài Gòn 1; Bắc Sài Gòn 2; Tham Lương – Bến Cát; Nhiêu Lộc – Thị Nghè; Tân Hóa – Lò Gốm; Tàu Hũ – Bến Nghé; Kênh Đôi – Kênh Tẻ. Tại từng lưu vực này sẽ xây dựng nhà máy xử lý nước thải tập trung với công nghệ xử lý nước thải hiện đại, phù hợp với khả năng giải phóng mặt bằng, tài chính. Như vậy, trong thời gian tới, thành phố Hồ Chí Minh sẽ phải đầu tư thêm 8 nhà máy xử lý nước thải sinh hoạt nữa mới xử lý được hết khối lượng nước phát sinh hàng ngày.
Hiện, tất cả các công trình xây dựng, dịch vụ, thương mại trên địa bàn thành phố được đầu tư xây dựng mới đều bắt buộc phải có hệ thống xử lý nước thải cục bộ, theo đúng yêu cầu của báo cáo đánh giá tác động môi trường được cơ quan chức năng có thẩm quyền phê duyệt. Đối với lĩnh vực công nghiệp, tất cả các khu công nghiệp, khu chế xuất trên địa bàn thành phố cũng đều có nhà máy xử lý nước thải tập trung, đồng thời, các cơ sở sản xuất ngoài các khu nói trên cũng đều phải có hệ thống xử lý nước thải cục bộ.
Cũng liên quan đến việc xử lý nước thải, ngành Y tế thành phố Hồ Chí Minh cho biết, đến cuối năm 2012, tất cả các đơn vị y tế trên địa bàn thành phố phải xây dựng xong hệ thống xử lý nước thải. Nếu đơn vị nào vẫn còn xả thải trực tiếp ra môi trường sẽ bị đóng cửa. Sở Tài nguyên và Môi trường thành phố Hồ Chí Minh cho biết, hiện mỗi ngày các bệnh viện đóng trên địa bàn thành phố này đã thải ra môi trường khoảng 23 nghìn mét khối nước thải y tế. Trong khi đó, nhiều bệnh viện chưa có hệ thống xử lý nước thải hoặc có nhưng không đạt chuẩn nên nước thải y tế đang được chảy thẳng trực tiếp ra môi trường, nguy cơ chứa nhiều mầm bệnh cao.