Khu vực có nhiều dự án chuyển mục đích sử dụng rừng sang làm thuỷ điện nhiều nhất là Tây Nguyên (50 dự án, gần 8.200 ha, chiếm 41,2% của cả nước), Bắc Trung bộ (23 dự án, hơn 4.500 ha, 22,9% của cả nước), Tây Bắc, Nam Trung Bộ...
Địa phương chuyển nhiều rừng sang thủy điện nhiều nhất nước (lớn hơn 1.000 ha) là các tỉnh Đắk Nông, Lai Châu, Lâm Đồng, Gia Lai, Kon Tum, Quảng Nam, Nghệ An...
Để xây dựng thủy điện Hương Sơn (xã Sơn Kim, huyện Hương Sơn, Hà Tĩnh) hàng vạn cây rừng nguyên sinh của dãy Trường Sơn đã bị đốn hạ cho tích nước lòng hồ và làm 21km đường vào công trình.
Đặc biệt, khi trả lời chúng tôi chiều 25/6 về việc có hay không nạn phá rừng và lợi dùng các dự án thủy điện để chặt phá rừng, ông Cao Chí Công, Vụ trưởng Vụ Sử dụng rừng, Tổng cục Lâm nghiệp (Bộ NN&PTNT) có khẳng định: Không bao giờ có chuyện lợi dụng các dự án để chặt phá rừng, hoặc lợi dùng giấy phép tận thu gỗ tại khu vực dự án để chặt phá rừng lớn hơn diện tích được cấp phép.
Tuy nhiên, trong báo cáo gửi Chính phủ kể trên, trong phần đánh giá một số tồn tại tại các dự án chuyển đổi mục đích sử dụng rừng sang làm thủy điện, Bộ NN&PTNT lại có đánh giá: “Công tác cắm mốc giới, xác định hành lang bảo vệ lòng hồ, bảo vệ đập thực hiện chậm, dẫn đến vùng lòng hồ, hành lang thoát lũ bị lấn chiếm, rừng bị phá không kiểm soát được”.
Báo cáo này cũng đánh giá, trên thực tế, diện tích rừng bị mất để xây dựng 160 dự án thủy điện trong thời gian qua (từ 2006-2012) có thể còn lớn hơn 20.000 ha, bởi vì khi xây dựng thủy điện sẽ kèm theo nhu cầu về đất tái định cư, đất sản xuất của người dân bù vào diện tích đã bị ngập. Số liệu này, các địa phương chưa thống kê được.
Ngoài ra, theo quy định hiện hành, cơ quan cho phép chuyển mục đích sử dụng rừng sang mục đích khác phải đảm bảo việc đầu tư trồng rừng mới thay thế diện tích rừng bị mất, nhưng hầu hết các địa phương không thực hiện nghiêm túc quy định này. Diện tích rừng trồng bù chỉ đạt 3,7% (chỉ trồng bù được 735 ha trên tổng số gần 20.000 ha rừng chuyển đổi), thiếu sót này, đã tồn tại nhiều năm, nhưng không được các địa phương phát hiện, xử lý.
Hầu hết các dự án thủy điện được xây dựng ở vùng núi cao, khu vực đầu nguồn có nhiều rừng tự nhiên nên việc chuyển đổi rừng đã làm thay đổi dòng chảy tự nhiên, gây ra tình trạng lũ lụt, sạt lở đất đá, làm ảnh hưởng đến hệ sinh thái ở các khu vực này, báo cáo đưa ra đánh giá.