Do đó, VRN kiến nghị Ủy ban Khoa học Công nghệ và Môi trường giám sát việc thực hiện Nghị quyết 49/2010/QH12 và pháp lý đối với 2 dự án này. Đồng thời, đề xuất các bộ, ngành và chính quyền địa phương rà soát, loại bỏ 2 dự án thủy điện Đồng Nai 6 và 6A ra khỏi quy hoạch thủy điện trên sông Đồng Nai.
Từ năm 2006 đến 2012, cả nước có 160 dự án thuộc 29 tỉnh, thành chuyển đổi mục đích sử dụng rừng sang xây dựng thủy điện với diện tích gần 20.000 ha. Thế nhưng, diện tích rừng thay thế hiện nay mới được 3,7%, tương đương 735 ha. Bộ NN-PTNT đã phối hợp và có ý kiến về việc phê duyệt, bổ sung quy hoạch thủy điện theo đề nghị của Bộ Công Thương. Tuy nhiên, quá trình triển khai có sự không thống nhất giữa quy hoạch thủy điện với thủy lợi, do đó chưa bảo đảm khai thác tổng hợp công trình thủy điện trên các lưu vực sông.
Việc vận hành của các nhà máy thủy điện trên thực tế còn nhiều bất cập, dẫn đến thiệt hại, rủi ro cho các hoạt động sinh sống, sản xuất của người dân vùng hạ lưu. Trong khi đó, cơ chế trong chia sẻ lợi ích giữa mục đích phát điện với các mục đích khác như chống lũ, cấp nước, tưới, bảo vệ môi trường… chưa rõ ràng đã gây ra tranh chấp giữa người dân và đơn vị vận hành công trình thủy điện, kéo dài như thời gian qua.
Bộ NN-PTNT cũng cho rằng chất lượng quy hoạch tái định cư (TĐC) của các dự án thủy điện còn thấp, nhiều khu - điểm TĐC thiếu nguồn nước, thiếu đất sản xuất, thiếu quỹ đất dự phòng so với quy hoạch được duyệt. Bởi lẽ, chủ đầu tư chưa thực sự coi việc di dân, TĐC là hợp phần quan trọng như chủ trương của Nhà nước, dẫn đến công tác tổ chức lập dự án chưa được thực hiện nghiêm túc từ bước điều tra cơ bản, thẩm định đến nghiệm thu… Quy hoạch cũng chưa đề cập chính sách hỗ trợ lâu dài để khôi phục thu nhập, ổn định đời sống và sản xuất sau TĐC cho người dân.
Vì thế, Bộ NN-PTNT kiến nghị đối với các dự án thủy điện chưa hoàn thành công tác bồi thường, hỗ trợ, TĐC và chưa có phương án trồng rừng thay thế thì dứt khoát chưa cho phép khởi công. Bên cạnh đó, phải có cơ chế trích một phần lợi nhuận từ việc phát điện, thuế thu nhập sản xuất điện để lập quỹ hỗ trợ ổn định đời sống, sản xuất và bảo vệ môi trường ở khu vực TĐC; có quy định về chính sách tham gia phòng chống lũ, phục vụ sản xuất đối với các công trình thủy điện nhằm bảo đảm hài hòa lợi ích giữa Nhà nước với chủ đầu tư.