Qua đó, sở đề xuất xử lý 67 trường hợp vi phạm với số tiền 2,8 tỉ đồng, đề xuất UBND TP ban hành quyết định cưỡng chế 8 đơn vị vi phạm kéo dài, liên tục. Hiện vẫn còn 2 DN thuộc diện ô nhiễm nghiêm trọng vẫn chưa khắc phục triệt để là Nhà máy Xi măng Hà Tiên (Bộ Xây dựng) và xưởng đóng tàu Ba Son (Bộ Quốc phòng), TP đã đề nghị cơ quan chủ quản xử lý.
Thanh tra Sở TN-MT cho biết đã gặp nhiều than phiền từ phía DN về tần suất kiểm tra môi trường dày đặc của các cơ quan chức năng, ảnh hưởng đến hoạt động của họ. Ví dụ, năm 2012, Cục Cảnh sát phòng chống tội phạm về môi trường (Bộ Công an) đã kiểm tra gần 20 DN hành nghề vận chuyển, xử lý chất thải nguy hại trùng đợt và danh sách thanh tra của Tổng cục Môi trường (Bộ TN-MT). Bà Lê Thị Kim Oanh, Phó Chánh Thanh tra Sở TN-MT, cho biết ngay trong nội bộ sở đã có 4 lực lượng kiểm tra các DN (gồm thanh tra sở và 3 phòng chức năng của Chi cục Bảo vệ môi trường). Việc kiểm tra của 4 đơn vị này cũng thường “giẫm chân” lẫn nhau do thiếu phối hợp, trong khi phần hậu kiểm chưa chặt chẽ dẫn đến tình trạng DN chây ì, tái phạm. Hiện vẫn còn khá nhiều điểm nóng ô nhiễm gây bức xúc dư luận chưa được xử lý triệt để, như cụm cơ sở tẩy nhuộm ở khu phố 4, 5, phường Đông Hưng Thuận, quận 12; Công ty CP Thuộc da Hào Dương (KCN Hiệp Phước - Nhà Bè); Tổng Công ty Dệt Việt Thắng (quận Thủ Đức)…
Đại diện quận 12 cho rằng hiệu quả xử lý ô nhiễm chưa triệt để do nhiều DN trên địa bàn quận được Sở TN-MT cấp phép nên dù muốn quận vẫn không thể vào kiểm tra được. Không đồng tình với ý kiến này, bà Nguyễn Thị Dụ, Chánh Thanh tra Sở TN-MT, nêu cụ thể trường hợp của phường Đông Hưng Thuận, sở đã tham mưu TP ban hành một số quyết định xử phạt và khoảng 10 quyết định cưỡng chế hoạt động. Các quyết định sau đó đều đưa về địa phương giám sát, hậu kiểm. “Đây là trách nhiệm của quận, không thể đổ cho sở được” - bà Dụ khẳng định.