Theo đó, hai dự án khai thác khoáng sản giai đoạn 1 gồm dự án khai thác khoáng sản tại mỏ mangan Bản Lò, xã Đông Minh (huyện Yên Minh) của Công ty trách nhiệm hữu hạn Hải Dương; Dự án khai thác khoáng sản tại mỏ Pả Láng, thôn Phín Lủng, xã Nghĩa Thuận (huyện Quản Bạ) của Công ty trách nhiệm hữu hạn sản xuất-thương mại Toàn Năng.
Dự án thuộc giai đoạn 2 bị thu hồi là Dự án khai thác mỏ chì kẽm Súa Nhè Lử, xã Xín Cái (huyện Mèo Vạc) của Công ty cổ phần Thương mại Á Châu. Sau nhiều lần các ngành chức năng của tỉnh tiến hành thanh tra, kiểm tra, nhắc nhở, yêu cầu các doanh nghiệp khẩn trương khắc phục sai phạm, song các doanh nghiệp này không chấp hành yêu cầu của đoàn thanh tra.
Trong số các dự án bị thu hồi giấy phép, dự án khai thác khoáng sản tại mỏ mangan Bản Lò, xã Đông Minh (huyện Yên Minh) của Công ty trách nhiệm hữu hạn Hải Dương đã được Ủy ban Nhân dân tỉnh Hà Giang cấp giấy phép khai thác từ năm 2008. Tuy nhiên, sau khi được cấp phép công ty này đã xây dựng xưởng tuyển quặng không đúng với cam kết bảo vệ môi trường, không lập bản đồ hiện trạng mỏ, không tham gia ký quỹ cải tạo phục hồi môi trường theo đúng quy định.
Ngoài ra, tại kỳ họp thứ 6 - Hội đồng Nhân dân tỉnh Hà Giang khóa XVI, nhiệm kỳ 2011-2016 mới đây, Hội đồng Nhân dân tỉnh Hà Giang đã phê chuẩn Nghị quyết đưa điểm mỏ vàng sa khoáng Nà Vuồng, xã Yên Phong (huyện Bắc Mê) ra khỏi quy hoạch thăm dò, khai thác và chế biến quặng vàng trên địa bàn tỉnh Hà Giang giai đoạn 2010-2015.
Nguyên nhân là do điểm vàng sa khoáng Nà Vuồng nằm trong lòng hồ của dự án thủy điện Bắc Mê, trữ lượng tài nguyên có giá trị kinh tế không đáng kể. Năm 2013, thủy điện Bắc Mê có công suất 45 MW, dung tích hồ chứa 23,65 triệu m3 sẽ tích nước lòng hồ, điểm mỏ vàng sa khoáng trên sẽ ngập sau lòng hồ, không thể khai thác được.
Theo Phó Chủ tịch Thường trực Ủy ban Nhân dân tỉnh Hà Giang Nguyễn Văn Sơn, năm 2013, Ủy ban Nhân dân tỉnh Hà Giang sẽ tăng cường công tác quản lý nhà nước đối với các hoạt động khoáng sản; chỉ đạo thành lập các tổ công tác tiến hành rà soát, làm việc với các doanh nghiệp khai thác khoáng sản; chấn chỉnh hoạt động khai thác khoáng sản trên địa bàn, kiên quyết xử lý đối với các doanh nghiệp vi phạm Luật Khoáng sản.