Tại Hội nghị, ngoài việc đánh giá kết quả hoạt động năm 2011, thông qua Quy chế làm việc của Ủy ban trong phương hướng nhiệm vụ năm 2012 và những năm tiếp theo, các đại biểu còn thảo luận về Kế hoạch triển khai Đề án tổng thể sông Cầu năm 2012 và giai đoạn 2013-2015; các vướng mắc, khó khăn trong quá trình triển khai Đề án, từ đó đề xuất hướng giải quyết cho từng tỉnh và cho toàn lưu vực sông Cầu.
Theo ông Hoàng Ngọc Đường, Chủ tịch Ủy ban Nhân dân tỉnh Bắc Kạn, Chủ tịch Ủy ban bảo vệ môi trường lưu vực sông Cầu, các tỉnh trong lực vực sông Cầu đã triển khai nhiều nội dung công việc, góp phần giảm thiểu tác động tới chất lượng môi trường sông Cầu. Nhiều dự án, chương trình, mô hình quản lý, bảo vệ môi trường lưu vực sông Cầu sử dụng kinh phí sự nghiệp môi trường và các nguồn kinh phí khác được các tỉnh triển khai có hiệu quả như Dự án trồng cây lưu vực đầu nguồn sông Cầu (tỉnh Bắc Kạn); mô hình xử lý môi trường làng nghề, hỗ trợ các hộ xây hầm Bioga, quy hoạch nông thôn mới, hỗ trợ xử lý nước thải các cụm công nghiệp (tỉnh Vĩnh Phúc)...
Tuy nhiên, ông Hoàng Ngọc Đường cũng cho rằng các địa phương đã có nhiều nỗ lực, cố gắng nhưng chất lượng môi trường sông Cầu vẫn chưa được cải thiện rõ rệt. Nước thải tại các làng nghề vẫn chưa được giải quyết triệt để. Nước mưa chảy tràn tại bãi thải của các mỏ trong lưu vực vẫn đang ngày đêm gây ô nhiễm sông Cầu. Nhiều cơ sở sản xuất kinh doanh chưa có giải pháp công nghệ xử lý rác thải thích hợp. Kinh phí đầu tư cho các công trình xử lý bãi rác, đầu tư cho các dự án trồng rừng vẫn chưa cân đối được, nguồn lực đầu tư cho công tác bảo vệ môi trường trong thời gian qua chưa nhiều...
Ông Bùi Văn Hải, Chủ tịch Ủy ban Nhân dân tỉnh Bắc Giang cũng cho rằng công tác bảo vệ môi trường lưu vực sông Cầu trên địa bàn các tỉnh đã đạt được những kết quả đáng ghi nhận như nhận thức, ý thức, trách nhiệm về bảo vệ môi trường, bảo vệ sông Cầu của người dân và doanh nghiệp được nâng lên đáng kể; những điểm nóng về môi trường từng bước được giải quyết triệt để, môi trường lưu vực sông Cầu ngày càng được cải thiện.
Tuy nhiên, nhiệm vụ bảo vệ môi trường lưu vực sông Cầu của các địa phương còn gặp nhiều khó khăn, nhất là về kinh phí triển khai thực hiện. Bên cạnh đó, việc đánh giá, kiểm soát các nguồn thải trên toàn lưu vực còn hạn chế; sự phối hợp giữa các tỉnh trong công tác quản lý khai thác cát, sỏi lòng sông còn chưa thường xuyên...
Các đại biểu tham dự Hội nghị cho rằng, thực hiện Đề án sông Cầu đòi hỏi kinh phí rất lớn nhưng nguồn kinh phí lại không được bố trí riêng nên rất khó huy động để triển khai thực hiện; việc xây dựng cơ chế đặc thù cho công tác này không thể thực hiện được do quy định của Luật Ngân sách Nhà nước; năng lực của các cơ quan quản lý về môi trường tại các địa phương thuộc lưu vực sông Cầu còn chưa đáp ứng yêu cầu thực tiễn về sự gia tăng ô nhiễm...
Các đại biểu cũng kiến nghị cần sớm nghiên cứu và đưa ra mô hình mới của Ủy ban Bảo vệ môi trường lưu vực sông, tăng tính quyền lực về hành chính và tài chính, tạo sự thống nhất từ Trung ương đến địa phương và tạo sự đồng thuận giữa các tỉnh trên lưu vực sông Cầu.
Bộ Tài nguyên và Môi trường phối hợp với các địa phương trong lưu vực đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra, xử lý dứt điểm các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng...