Các doanh nghiệp nhập khẩu ngại nhập hàng vì sợ khó cạnh tranh với phân bón cùng loại trong nước do có giá bán thấp hơn, do vậy thị trường phân bón thường xuyên bất ổn nguồn cung và giá cả cũng “nhảy múa” gây bất lợi cho nông dân.
Ông Nguyễn Tiến Thỏa, Cục trưởng Cục Quản lý giá (Bộ Tài chính), cho biết môi trường kinh doanh phân bón tuy có cạnh tranh mạnh về giá giữa hàng nhập khẩu và hàng sản xuất trong nước nhưng diễn biến bất thường, dẫn đến hệ quả không đủ nguồn cung cho thị trường và giá bị đẩy lên cao. Thị trường hoạt động thiếu minh bạch nguyên nhân chính là còn phụ thuộc vào nhập khẩu với giá cao hơn giá vốn phân bón sản xuất trong nước. Nghịch lý là giá phân bón sản xuất trong nước thấp nhưng giá bán đến tay nông dân lại bị đẩy lên cao ngất ngưởng, tương đương với hàng nhập khẩu. Nông dân không được hưởng lợi từ giá thấp này, khoản chênh lệch được chuyển qua các tầng nấc trung gian khác nhau.
Cũng theo ông Nguyễn Tiến Thỏa: Sở dĩ phân bón sản xuất trong nước có giá thành thấp là do chưa tính đúng, tính đủ theo nguyên tắc thị trường. Nhà nước vẫn còn bao cấp giá những nguyên liệu đầu vào quan trọng. Chẳng hạn như than bán cho sản xuất phân bón với giá chỉ bằng 55%-82% so với giá thị trường. Giá khí đồng hành bán cho sản xuất phân bón với mức bình quân trong năm 2011 khoảng 4,59 USD/triệu BTU so với giá thị trường là từ 10 USD - 14 USD/triệu BTU.
Giá phân bón từ nhà máy thấp nhưng qua nhiều tầng nấc trung gian, thậm chí bị đầu cơ nên đến tay nông dân với giá quá cao. Mạng lưới cung ứng chồng chéo, vòng vèo gây nhiều khó khăn cho công tác kiểm soát. Và cũng không loại trừ khả năng nhà sản xuất phân bón bán giá thấp để “chuyển giá” cho các công ty con, công ty liên kết... Theo ông Thỏa, tình trạng độc quyền, liên minh độc quyền cạnh tranh không lành mạnh về giá đã xuất hiện. Những hành vi đầu cơ, găm hàng, hạch toán chi phí sản xuất, chi phí lưu thông chưa hợp lý, thiếu cơ chế khắc phục có hiệu quả làm tăng chi phí, tăng giá...
Ông Nguyễn Hạc Thúy, Tổng Thư ký Hiệp hội Phân bón Việt Nam, cho rằng đã đến lúc chấm dứt bao cấp giá cung cấp nguyên liệu đầu vào trong sản xuất phân bón. Cần có chính sách chung, một giá chung cho tất cả các doanh nghiệp cũng như có chính sách thuế linh hoạt từng thời kỳ và điều tiết xuất nhập khẩu bằng thuế.